Zwischen 1510 und 1517 wurde die Kirche einem bedeutenden spätgotischen Umbau unterzogen, bei dem sie u. a. ein neues Gewölbe erhielt. Im Inneren der Kirche hing ein Bildnis des Heiligen Thomas, dem wundertätige Kräfte zugesprochen wurden, die ihn bei den Gläubigen in hohem Ansehen stehen ließen. Dies führte dazu, dass regelmäßig Wallfahrten und Prozessionen der Gläubigen zur Kirche stattfanden. Im Jahr 1786 wurde die Kirche im Rahmen der josephinischen Reformen geschlossen und begann zu verfallen. Im Jahr 1874 wurde die Kirche restauriert und neu eingeweiht.

Kostel Božího těla na podzim

Einen weiteren Rückschlag erlitt die Kirche nach dem Zweiten Weltkrieg, als die Grenzzone eingerichtet wurde und sie als Militärlager und Heulager diente. Dank der Hilfe der ehemaligen deutschen Einwohner wurde 1991 mit der Instandsetzung der damals schon fast baufälligen Kirche begonnen, die bereits vom Einsturz bedroht war. 1997 wurde die Kirche wieder eingeweiht und wird seither einmal im Monat (am letzten Sonntag des Monats) für Gottesdienste genutzt.

An der Nordseite des Chors befindet sich ein Wandgemälde aus dem ersten gotischen Stil des 14. Jahrhunderts, das erst vor wenigen Jahren entdeckt wurde. Das Gemälde stellt die Jungfrau Maria mit dem Jesuskind und den Heiligen Drei Königen dar.