Nachdem er nicht in das Gymnasium in Horní Plané aufgenommen wurde, schickte ihn sein Großvater gegen seinen Willen auf die Benediktiner-Lateinschule in Kremsmünster, Oberösterreich. Hier wurde sein Gefühl für Natur, Literatur und Kunst geboren. Stifter bezeichnete diese Zeit später als die schönste seines Lebens. Er schloss sein Studium mit ausgezeichneten Ergebnissen ab. Hier begann er auch, heimlich seine ersten Gedichte zu schreiben.

Es folgte ein Studium der Rechtswissenschaften an der Universität Wien (1826-1832). Er kehrte oft in seine Heimatregion zurück, unter anderem nach Frymburk, um seine unerfüllte Liebe Fanny Greipl zu besuchen, die später in vielen seiner Gedichte vorkam. Ab 1848 arbeitete er in Linz, Österreich, erhielt mehrere kaiserliche Medaillen und wurde für seine wissenschaftliche Arbeit anerkannt. Die meisten seiner literarischen Werke siedelte er im Böhmerwald an und schrieb oft über seine Kindheit in Horní Plané. Nicht umsonst trägt er den Spitznamen "der Dichter des Böhmerwaldes".

Er starb am 28. Januar 1868 in Linz. Stifters Geburtshaus in Horní Plané, Nr. 21, wird heute als Gedenkausstellung genutzt, die sein Leben und Werk begleitet. Auf dem Gipfel des Plechý über dem Plešný jezero befindet sich ein Denkmal für Stifter.